W Beskidzie Niskim występują tylko dwa piętra roślinne: pogórza (do 550 m n.p.m.) i regiel dolny. Piętro pogórza tworzą pozostałości pierwotnych lasów dębowo – grabowych, olszy i zarośla wikliny w dolinach rzek, natomiast regiel dolny to lasy jodłowe, bukowe i sosnowe. Lasy zajmują blisko 70% powierzchni Beskidu Niskiego. Szczególnie liczne są drzewostany bukowe, a świerk jest niemal nieobecny. Ciekawostką są skupiska cisa i modrzewia. 

Pod względem florystycznym Beskid Niski jest obszarem przejściowym między Karpatami Zachodnimi a Karpatami Wschodnimi. Rosną tu ciepłolubne rośliny z południa: róża francuska, kokoryczka wonna, kocimiętka właściwa. W lasach kwitną m.in.: przebiśnieg, cebulica dwulistna, żywiec gruczołowaty, czosnek niedźwiedzi, zawilec i miesiącznica trwała. Występuje tutaj również kilka gatunków z rodziny storczykowatych m.in.: podkolan biały, kruszczyk błotny, stoplamek plamisty.