Fauna tutejszych lasów jest typowa dla Beskidów. Dużej liczebności zwierzyny sprzyja słabe zaludnienie i rozległe obszary leśne. Występują tutaj m.in.: jelenie, sarny, dziki, zające, a z drapieżników: niedźwiedzie, rysie, żbiki, wilki, kuny (domowa i leśna) oraz lisy. Wśród około 140 gatunków ptaków należy wymienić: orlika krzykliwego (widnieje na logo Magurskiego Parku Narodowego), orła przedniego, myszołowa zwyczajnego, grubodzioba, puchacza, puszczyka uralskiego i głuszca. W dolinach występują bocian czarny i dzięcioł trójpalczasty, a nad strumieniami: pliszka górska i pluszcz. Liczne są typowo górskie gatunki płazów: kumak górski, salamandra plamista, kilka gatunków traszek. Z gadów spotkać można żmiję, gniewosza plamistego, zaskrońca i padalca. W porze letniej dostrzec można rzadkie gatunki motyli: pazia żeglarza i niepylaka mnemozynę.