Beskid Niski zbudowany jest ze skał osadowych zwanych fliszem karpackim. Są to najczęściej naprzemiennie ułożone ławice zlepieńców, piaskowców i łupków ilastych. Gdy 28 mln lat temu warstwy fliszu zostały sfałdowane, powstały trzy tzw. płaszczowiny, które nasunęły się na siebie. Najniższa jest płaszczowina śląska, środkowa – dukielska, a najwyższa – magurska. Wychodnie piaskowców magurskich często mają postać fantastycznych form skalnych. Najbardziej znane są Kornuty na Magurze Wątkowskiej (w 1953 roku założono tutaj rezerwat przyrody celem ochrony wychodni skalnych) i Diabli Kamień koło Folusza. Występuje też wiele jaskiń. Największe ich skupiska to Kilanowska Góra k. Lipowicy (około 70 jaskiń – najdłuższą z nich jest Jaskinia Słowiańska-Drwali o długości korytarzy 601 m i głębokości blisko 24 m) oraz Cergowa (11 jaskiń). Znana jest Jaskinia Mroczna w Kornutach, której łączna długość korytarzy sięga prawie 200 m, a głębokość 15,5 metrów. Według stanu z 2004 r. w Beskidzie Niskim znanych było 188 jaskiń i schronisk podskalnych o łącznej długości korytarzy 2720 m. Natomiast według stanu na 8 czerwca 2010 r. było to już 238 takich obiektów. 

Warto też zwiedzić Grzywacką Górę, na której znajduje się krzyż z widokowym tarasem. 

Naturalnym bogactwem jest ropa naftowa, gaz ziemny oraz wody mineralne.